Корневой сертификат показывает, что удостоверяющий центр, который выдал вам электронную подпись, прошёл аккредитацию
у Минкомсвязи России и получил право выдавать электронные подписи. Без корневого сертификата АТИ-Доки не могут доверять вашей электронной подписи и разрешить подписывать ей документы.